Entre l'organisme vivant et le début de vos analyses génomiques, qu'elles soient méta-, phylo-, comparatives ou populationnelles, il y a la biologie moléculaire, les techniques de séquençage qui génèrent les "reads" et enfin la bioinformatique.
Sans ces derniers, point de génomes assemblés, point de variants, point de génomique des populations. Grâce à son cocktail d'algorithmes très performants à base de structures d'index et de graphes, la bioinformatique nous aide jour après jour à repousser les limites de nos analyses génomiques. Oui, mais bien souvent, la recette du cocktail, la composition de ses ingrédients, les pièges qu'il recèle restent opaques pour le génomicien.
Lors de ces deux journées, nous aborderons les différentes étapes qui parsèment le chemin de la sortie du séquenceur (les reads) jusqu'au génomes assemblés et leur variations populationnelles. Nous y aborderons les développements de l'acquisition des données à l'analyse in silico, leurs variations pour des problèmes spécifiques et profiterons d'un retour d'expérience d'utilisateurs experts. Tout ce que vous auriez dû savoir depuis longtemps : une occasion à ne pas rater.
Inscription et appel à contribution orale
L'inscription est gratuite mais obligatoire. Le nombre de place étant limité à 120, merci de vous inscrire si vous pensez réellement venir. En cas d'annulation de votre venue, veuillez nous contacter au plus tôt.
Si vous souhaitez soumettre une proposition de communication orale (en anglais, 20 minutes questions comprises), cliquez sur "mes dépôts" et suivez la procédure. Les thématiques sont l'assemblage de génomes de haute qualité et la détection de variants. Les dépôts sont ouverts jusqu'au 05 septembre 2022. Vous serez notifié de l'acceptation éventuelle de votre communication le 7 septembre au plus tard.
Enfin, vous êtes invités à déjeuner gratuitement à la cantine du Muséum les 21 et 22 septembre. Vous devrez indiquer lors de l'étape d'inscription si vous souhaitez vous joindre à nous pour ces repas afin de prévoir le nombre place à réserver.
A bientôt!
Orateurs invités
Jean-Marc AURY
CEA / Genoscope, Evry
Nadia BESSOLTANE
INRAe IJPB, Versailles
Mark BLAXTER
Sanger Institute, UK
Celine BON
MNHN, Paris
Romain KOSZUL
Institut Pasteur, Paris
Romuald LASO-JADART
MNHN, Paris
Claire LEMAITRE
Inria, Rennes
Antoine LIMASSET
CNRS CRIStAL, Lille
Stefano MONA
MNHN, Paris
Organisateurs
Jawad Abdelkrim
Guillaume Achaz
Mathieu Joron
Mahendra Mariadassou
Eric Pelletier
Jean-Christophe Simon
Hélène Touzet
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